Dalszy rozwój klubu 240px|thumb|Główne boisko piłkarskie na Stadionie Miejskim w Kłodzku (Ośrodek Sportu i Rekreacji), gdzie swoje mecze ligowe rozgrywają piłkarze MKS Nysy Kłodzko W 2. połowie 1949 roku na walnym zebraniu uchwalono jednogłośnie zmianę nazwy klubu i przystąpienia do pionu pracowników spółdzielczych i biurowo-handlowych. Zreorganizowany klub przyjął nazwę Zrzeszenie Sportowe Spójnia. Pojawiły się kolejne dwie sekcje: szachowa i tenisa ziemnego. W 1955 roku zgodnie z polityką władz klub otrzymał nazwę Zrzeszenia Sportowego Sparta. W międzyczasie przestały funkcjonować sekcje: tenisa stołowego i ziemnego, koszykówki, lekkiej atletyki, siatkówki oraz motorowa. W 1956 roku na fali destalinizacji klub powrócił do swojej historycznej nazwy – Nysa Kłodzko, wchłaniając jednocześnie Klub Sportowy Start, mający swoją bazę w spółdzielczości pracy. Działalność wznowiły sekcje: koszykówki, tenisa stołowego, lekkiej atletyki i narciarska. Ta ostatnia tylko przez jeden sezon. Ponadto powstała także sekcja piłki ręcznej.