W 1957 roku miała miejsce kolejna fuzja. Nysa wchłonęła tym razem Gwardię Kłodzko, istniejącą przy Sudeckiej Brygadzie Wojsk Ochrony Pogranicza. Połączenie obu klubów doprowadziło do tego, iż Nysa Kłodzko stała się jednym z najbogatszych i najprężniej działających klubów w Sudetach. Mimo to nie wzrosła liczba sekcji sportowych, a nawet ich liczba ubyła. Jeszcze tego samego roku rozwiązano sekcję szachową, a dwa lata później tenisa stołowego i bokserską. W latach 60. XX wieku działały cztery sekcje: piłki nożnej, piłki ręcznej, koszykówki i lekkoatletyki. W 1961 roku na jeden sezon pojawiła się ponownie siatkówka a w 1969 roku gimnastyka. W 1970 roku reaktywowano sekcje: narciarską oraz bokserską.
Na początku lat 70. XX wieku Klub Sportowy Nysa liczył 385 członków z czego 344 zawodników i w tym 64 to kobiety. Dekada ta przyniosła poza tym trudności organizacyjne w klubie. Likwidacji ulegały kolejne sekcje: lekkoatletyka (1972), boks (1974). Pojawiła się sekcja biegów na orientację (1972-1980). Swoją działalność wznowiła siatkówka mężczyzn, która została ponownie zamknięta w 1981 roku wraz z koszykówką. W 1975 roku klub zmienił nazwę na Międzyzakładowy Klub Sportowy Nysa-Start.