Lata 80. XX wieku oznaczały działalność sportowców kłodzkiego klubu sportowego wyłącznie w dwóch sekcjach: piłki nożnej i piłki ręcznej. W 1984 roku klub został odznaczony "diamentową odznaką" Polskiego Związku Piłki Ręcznej za wieloletnią pracę na rzecz rozwoju tej dyscypliny w Polsce. Niestety z powodu braku odpowiedniego zaplecza sekcja przestała istnieć w 1988 roku, a próby jej reaktywowania w 1991 roku zakończyły się niepowodzeniem.
Lata najnowsze W roku 1990 rozwiązano Radę Wojewódzką zrzeszenia "Start", co oznaczało, że klub powrócił do swojej tradycyjnej nazwy i działał jako Miejski Klub Sportowy NysaTomasz Piasecki, 30-lecie OZPN w Wałbrzychu, Wałbrzych 2006, s. 77-78.. Lata 90. XX wieku przyniosły powstanie sekcji: brydża sportowego i tenisa stołowego. W 1994 roku klub uzyskał sponsora strategicznego, którym została Fabryka Armatury Przemysłowej "Zetkama:, stąd też zmiana nazwy na MKS Nysa-Zetkama. Nazwa ta przetrwała do 07 lutego 2004 roku, kiedy na walnym zgromadzeniu zarządu, w związku z wycofaniem się sponsora powrócono do nazwy MKS Nysa. Ważnym wydarzeniem było przejęcie w 1995 roku przez kłodzką sekcję tenisa stołowego drużyny Śnieżnik Stronie Śląskie, występujący w drugiej lidze męskiej.