mały holenderski garnizon zdołał zniszczyć część infrastruktury, zanim ostatecznie został przytłoczony przewagą wroga. Zniszczenie tych obiektów doprowadziło do surowych represji wobec ludności cywilnej, zwłaszcza w Balikpapanie, gdzie stracono od 80 do 100 Europejczyków.
W rezultacie Cesarska Armia Japońska zarządzała okupowanym brytyjskim Borneo Północnym, a Cesarska Marynarka Wojenna była odpowiedzialna za Borneo Holenderskie. Siły garnizonowe na wyspie były bardzo małe aż do połowy 1944 roku. W czasie okupacji miejscowa ludność była poddawana surowemu traktowaniu. Na przykład na Tarakanie duża liczba miejscowych została przymusowo wcielona do wojska, lokalną gospodarkę zakłóciły kontrybucje, a żywności stawało się coraz mniej. Pod koniec października 1943 roku rozpoczął się otwarty bunt lokalnych plemion Dajaków i etnicznych Chińczyków, który został brutalnie stłumiony, a setki ludzi rozstrzelano. W następstwie wielu miejscowych zmarło z powodu chorób i głodu, gdy japońska polityka okupacyjna stała się jeszcze bardziej restrykcyjna. Siły japońskie dokonały rozlicznych masakr podczas okupacji Borneo.