Po wojnie, w ramach repatriacji w kwietniu 1945 r. przybył do Torunia, gdzie z Emilem Ogłozą i Józefem Mossakowskim utworzyli Komitet Organizacyjny Uniwersytetu w Toruniu. Razem zabiegali u władz centralnych o utworzenie uczelni i współorganizowali ją w oparciu o kadrę naukową Uniwersytetu Stefana Batorego. Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu formalnie powstał w sierpniu 1945 r. Wcześniej, 8 czerwca 1945 r. S. Burhardt został dyrektorem Książnicy Miejskiej im. M. Kopernika, w ramach której zajął się tworzeniem biblioteki naukowej dla powstającej uczelni. Od 1 września 1945 r. równocześnie pełnił obowiązki dyrektora Biblioteki Uniwersyteckiej wyodrębnionej formalnie w lutym 1946 r. Od tej pory zarządzał już tylko Biblioteką UMK. Księgozbiór jej, liczący ponad 400 tysięcy woluminów, powstawał w oparciu o kierowaną przez niego Zbiornicę Zbiorów Zabezpieczonych gromadzącą zbiory pochodzące z byłych Prus Wschodnich i Pomorza Zachodniego. Biblioteką UMK otwartą w nowym budynku w maju 1947 r. kierował do połowy 1949 r., kiedy to z powodów politycznych został odwołany ze stanowiska.