Niemieccy naziści nazwali Lubawicze „świętym miastem Jehowy, rabinów i mordów rytualnych”. Starych religijnych Żydów poddawano wyrafinowanym torturom. Szczypcami wyrywali im włosy z brody, codziennie organizowali publiczne chłosty i zmuszali do tańca na zwojach Tory. Często zastraszanie kończyło się egzekucjami: we wrześniu 1941 r. zginęło 17 Żydów, a 4 listopada 1941 r. – pozostała część populacji żydowskiej w Lubawiczach (na terenie dawnej rzeźni, 400 m od domu rabina). Do 19 grudnia 1941 roku rozstrzelano 483 Żydów (według danych niemieckich – 492).
W czasie wyzwalania tych terenów niemal cała wieś została spalona. W protokole inspekcji miejsca pochówku lubawiczowskich Żydów z dnia 10 października 1943 r. (w obecności mieszkańców miejscowości) widniało: „Dwadzieścia pięć metrów na wschód od budynku rzeźni odkryto kopiec o długości 25 metrów, szerokości 11 metrów i wysokości 5 metrów. Przeprowadzono ekshumację. Zwłoki mężczyzn, kobiet i dzieci, od niemowląt do bardzo starych. Zwłoki dzieci są przeważnie w ramionach dorosłych. Zdecydowana większość zwłok ma obrażenia od kul w kości potylicznej, ciemieniowej i skroniowej z ubytkami różnej wielkości. Niektóre zwłoki mają rozległe uszkodzenia czaszki w wyniku uderzeń tępymi przedmiotami.