Budowa obozu nie była wówczas jeszcze zakończona, stąd Eberl początkowo urzędował w warszawskim pałacu Brühla. Z tego okresu zachowała się jego korespondencja z komisarzem ds. dzielnicy żydowskiej w Warszawie, Heinzem Auerswaldem, dotycząca dostaw wyposażenia i materiałów dla powstającego obozu.
Ośrodek zagłady w Treblince rozpoczął działalność 23 lipca 1942 roku wraz z przybyciem pierwszego transportu z getta warszawskiego. Szybko okazało się, że Eberl, który dotychczas nadzorował eksterminację stosunkowo niewielkich grup chorych i niepełnosprawnych, nie radzi sobie z zarządzaniem obozem zagłady, do którego codziennie przywożono co najmniej 5 tys. ludzi. Jego ambicją było, aby Treblinka przewyższyła wszystkie inne ośrodki zagłady pod względem liczby zamordowanych Żydów. Nie zważając na jej ograniczone „zdolności absorpcyjne”, domagał się przysyłania wciąż nowych kontyngentów ofiar. Skutki takiego postępowania okazały się katastrofalne. Personel obozu nie nadążał z likwidacją przyjeżdżających transportów, więc pociągi przez długi czas oczekiwały na stacjach pośrednich, a zamknięci w wagonach Żydzi masowo umierali na skutek pragnienia i braku powietrza. Sytuację pogarszał fakt, że komory gazowe działały zbyt wolno z powodu problemów technicznych i braku doświadczenia personelu.