Od stycznia 1942 roku w mundurze Organizacji Todt przebywał na froncie wschodnim w okolicach Mińska, uczestnicząc w tzw. Osteinsatz (akcja „wschodnia”). Cel tej operacji nie został dotąd jednoznacznie wyjaśniony. Oficjalnie zadaniem Eberla i pozostałych weteranów akcji T4 była pomoc w ewakuacji rannych żołnierzy Wehrmachtu do szpitali na zapleczu. Przypuszcza się jednak, że w rzeczywistości uczestnicy Osteinsatz potajemnie mordowali ciężko rannych jeńców sowieckich lub dokonywali eutanazji ciężko rannych żołnierzy niemieckich, którzy zostali okaleczeni w stopniu uniemożliwiającym powrót do normalnego życia.
Do Niemiec powrócił w kwietniu 1942 roku.
Treblinka thumb|Pismo Eberla z 19 czerwca 1942 do komisarza ds. dzielnicy żydowskiej w Warszawie Heinza Auerswalda, w sprawie dostawy wyposażenia i materiałów dla powstającego obozu zagłady w Treblince W 1942 roku podobnie jak wielu innych uczestników programu „eutanazji” otrzymał przydział do personelu akcji „Reinhardt”, pod którym to kryptonimem kryła się eksterminacja polskich Żydów. Nadano mu także stopień SS-Untersturmführera. Początkowo przełożeni skierowali go do obozu zagłady w Sobiborze – w tym czasie jeszcze niefunkcjonującego. Pod koniec czerwca został mianowany komendantem ośrodka zagłady w Treblince.