Panujący w obozie chaos nie wpłynął na zmniejszenie tempa eksterminacji. Jicchak Arad szacował, że między 23 lipca a 28 sierpnia 1942 roku w Treblince zamordowano 312,5 tys. Żydów (według innych ocen – do 280 tys.). Z punktu widzenia dowództwa akcji „Reinhardt” kluczowymi problemami były niemożność zachowania zbrodni w tajemnicy, a przede wszystkim – brak oczekiwanych dostaw złota i kosztowności. Nie był on przy tym spowodowany wyłącznie panującym w obozie bałaganem. Eberl miał bowiem kierować zrabowane złoto i precjoza bezpośrednio do swoich dawnych przełożonych w Kancelarii Führera w Berlinie, pomijając lubelski sztab Einsatz Reinhardt.
Pod koniec sierpnia kierownik akcji „Reinhardt”, SS-Brigadeführer Odilo Globocnik, osobiście udał się na inspekcję do Treblinki, zabierając ze sobą inspektora obozów zagłady Christiana Wirtha i jego adiutanta Josefa Oberhausera. Zorientowawszy się w sytuacji, natychmiast odwołał Eberla ze stanowiska komendanta, powierzając jednocześnie Wirthowi zadanie opanowania sytuacji w obozie. Według Oberhausera miał przy tym powiedzieć: „gdyby dr Eberl nie był jego rodakiem, zamknąłby go i postawił przed sądem SS i policji”.