Do momentu wejścia w życie nowej ustawy dotyczącej ustroju prokuratury, jednak nie później niż do 31 marca 1990 roku, prokuratura miała funkcjonować na podstawie dotychczasowych przepisów.
Zespolenie funkcji Prokuratora Generalnego oraz Ministra Sprawiedliwości (1990–2010) Prokurator Generalny był naczelnym organem całej prokuratury, tym samym podlegali mu wszyscy prokuratorzy. 31 marca 1990 r. zlikwidowano Prokuraturę Generalną, a większość jej funkcji przejął Departament Prokuratury w Ministerstwie Sprawiedliwości, zaś funkcję Prokuratora Generalnego zaczął sprawować z urzędu Minister Sprawiedliwości. W następnych latach, ustawą z 10 maja 1996 utworzono Prokuraturę Krajową jako centralną jednostkę organizacyjną prokuratury w pionie powszechnym i powołano Prokuratora Krajowego jako jednego z zastępców Prokuratora Generalnego. Pozostawiono przy tym Naczelną Prokuraturę Wojskową jako centralną jednostkę organizacyjną prokuratury w pionie wojskowym, kierowaną przez Naczelnego Prokuratora Wojskowego, także pełniącego funkcję zastępcy Prokuratora Generalnego. Ustawa z dnia 18 grudnia 1998 r.