o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu wprowadziła również możliwość wykonywania przez Instytut funkcji śledczych oraz powołała prokuratorów IPN, a Dyrektora Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu usytuowała w roli zastępcy Prokuratora Generalnego. W celu zapewnienia właściwej realizacji zadań prokuratury, zastępcami Prokuratora Generalnego oprócz wyżej wymienionych mogli być także inni prokuratorzy, powoływani (od 1996 r. tylko spośród prokuratorów Prokuratury Krajowej) i odwoływani ze stanowiska zastępcy przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek Prokuratora Generalnego.
Prokurator Generalny jako niezależny organ (2010–2016) Z dniem 31 marca 2010 nastąpiło rozdzielenie funkcji Ministra Sprawiedliwości oraz Prokuratora Generalnego oraz zastąpienie Prokuratury Krajowej przez Prokuraturę Generalną. Od tego momentu Prokuratora Generalnego powoływał Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej spośród dwóch kandydatów zgłoszonych przez Krajową Radę Sądownictwa i nowo utworzoną Krajową Radę Prokuratury (art. 10a ustawy z dnia 20 czerwca 1985 r. o prokuraturze). Kadencja Prokuratora Generalnego trwała sześć lat, licząc od dnia złożenia ślubowania.