Trzęsienie zniszczyło największe kościoły Lizbony, Katedrę Świętej Marii, bazyliki: św. Pawła, św. Katarzyny, św. Wincentego i Zmiłowania Misericordia. Klasztor Do Carmo w centrum miasta został zniszczony, a jego ruiny, które pozostawiono jako pamiątkę po kataklizmie mogą być zwiedzane przez turystów do dziś. W czasie trzęsienia ziemi zaginął w całości i bez śladu grobowiec Alvaresa Pereiry, który znajdował się w tym właśnie klasztorze. Spłonął szpital królewski „Wszystkich Świętych”, a w nim setki pacjentów. Rejestry podróży historycznych Vasco da Gamy i Krzysztofa Kolumba zostały bezpowrotnie stracone, taki sam los spotkał także mnóstwo zabytkowych budowli w stylu manuelińskim.
Dzień następny Rodzina królewska ocalała. Król Józef I i jego dwór opuścili tego dnia miasto, aby wziąć udział w porannej mszy w podlizbońskiej miejscowości Belém. Nieobecność króla w mieście wynikła z zachcianki księżniczki, aby spędzić dzień Wszystkich Świętych poza miastem. Ze względu na katastrofę król nabawił się fobii przebywania w zamkniętym pomieszczeniu i resztę życia spędził mieszkając w specjalnie dlań zaprojektowanych luksusowych konstrukcjach namiotowych.