Podobnie jak król, minister wojny i przyszły premier Portugalii markiz de Pombal przeżył trzęsienie. Bardzo praktyczny w działaniach nakazał wojsku natychmiastową odbudowę Lizbony. Mówi się, że na zadane pytanie „I co teraz?”, zwykł odpowiadać „Pochować zmarłych i zatroszczyć się o żywych”. Nakazał ugasić szalejące pożary i pogrzebać ofiary, aby uniknąć epidemii.
Minister i król zakontraktowali natychmiast architektów i inżynierów. W niecały rok po trzęsieniu ruiny zostały ostatecznie usunięte, a prace nad rekonstrukcją Lizbony szybko posuwały się naprzód. Król życzył sobie, aby nowe miasto było uporządkowane, posiadało wielkie place i szerokie prostopadłe aleje. W owym czasie ktoś spytał markiza de Pombal: „po co komu tak szerokie ulice?”. W odpowiedzi usłyszał: „pewnego dnia okażą się wąskie”.
Nowe centrum Lizbony znane dzisiaj jako Baixa Pombalina jest starym miastem Lizbony. Zabudowa jest pierwszą na świecie skonstruowaną z myślą o ochronie antysejsmicznej. Wszystkie tutejsze kamienice były najpierw w formie modeli z drewna poddane testom maszerującego dookoła nich wojska.