W dziedzinie polityki, trzęsienie pozostawiło także niekorzystny oddźwięk. Faworyzowanie przez króla ministra markiza de Pombal nie podobało się arystokracji, spośród której wielu zabiegało o podobne względy. Po 1 listopada kompetentne poprowadzenie spraw związanych z następstwami trzęsienia przez Markiza de Pombal (tytuł „markiz” – marques, został mu przyznany w 1770 roku), zagwarantowało mu większą władzę i wpływ na króla. Król natomiast korzystając z nadarzającej się okazji pogłębił ustrój absolutyzmu.
Stan ten spowodował głębokie niezadowolenie arystokracji, które miało swoją kulminację w próbie zabójstwa króla i w konsekwencji skazanie na śmierć kilku członków magnackiej rodziny Tavora. Wszystko to przyczyniło się do osłabienia Portugalii na arenie międzynarodowej i zakwestionowania jej ambicji imperialistycznych.