JNR została podzielona na siedem niezależnych spółek komercyjnych, z których sześć rozpoczęło działalność na rynku pasażerskim, a siódma transportowym. Spółki te tworzą Japan Railways (JR Group). thumb|upright=1.8|Sieć kolejowa w Japonii Są to: Hokkaido Railway Company East Japan Railway Company Central Japan Railway Company West Japan Railway Company
Kyushu Railway Company (spółka towarowa).
Trzy spośród siedmiu spółek operujących na głównej wyspie Honsiu zostały w pełni sprywatyzowane i nie otrzymują dotacji państwowych. Proces ten objął w pierwszej kolejności największą spółkę East Japan Railway Company, a zakończył się w roku 2002. Pozostałe dwie spółki działające na głównej wyspie Japonii zakończyły proces prywatyzacji w roku 2004 (West Japan Railway Company) i 2006 (Central Japan Railway Company).
Shikoku Railway Company, Kyushu Railway Company, Hokkaido Railway Company oraz transportowa Japan Freight Railway Company nie zostały sprywatyzowane.
Ze względu na wielkość przewozów kolejowych na mniejszych wyspach japońskich ich działalność musi być dotowana ze środków publicznych.