Wszystkie pozostają własnością państwową – od roku 2003 całość ich udziałów jest w posiadaniu Japan Railway Construction, Transport and Technology Agency (JRTT).
Transport towarów jest obsługiwany przez przedsiębiorstwa odseparowane od przewoźników pasażerskich. Dominującą pozycję ma państwowa Japan Freight Railway Company – jedyne przedsiębiorstwo o charakterze ogólnokrajowym. Nie dysponuje ono swoją własną infrastrukturą kolejową (poza niewielkimi wyjątkami), korzystając z sieci innych operatorów kolejowych. Istnieje także jedenaście mniejszych spółek prywatnych zajmujących się działalnością transportową na rynkach lokalnych.
Obok spółek wchodzących w skład JR Group w Japonii działa duża liczba małych przedsiębiorstw zajmujących się obsługą połączeń regionalnych. Są to zazwyczaj przedsiębiorstwa obsługujące jedną, dwie linie w ramach sieci dojazdowych i miejskich dużych aglomeracji.
Obecnie w Japonii działa ponad 150 operatorów kolejowych. Część z nich dysponuje rozbudowaną siecią kolejową liczącą do kilkuset kilometrów. Przykładem mogą być takie przedsiębiorstwa jak Kintetsu, Tobu czy Meitetsu, których sieci połączeń kolejowych liczą odpowiednio 508, 463 i 442 kilometry.