W 1987 roku powstał nowy klub o nazwie Isernia '86, który startował w lidze regionalnej Kampanii. W 1992 klub zmienił nazwę na Polisportiva Isernia. W 1998 roku klub awansował do Campionato Nazionale Dilettanti, po czym połączył się z Isernia Calcio Sport i zmienił nazwę na Isernia FC. W 1999 liga została przemianowana na Serie D. W 2003 otrzymał promocję do Serie C2. W 2004 klub ogłosił upadłość.
W 2006 roku klub został reaktywowany jako ASD Isernia Pentra Sport i rozpoczął rozgrywki w mistrzostwach Prima Categoria Molise (D8). W sezonie 2009/10 zespół zajął 14.miejsce w Promozione Molise i spadł do Prima Categoria Molise, a potem został rozwiązany.
Latem 2010 roku klub ASD Real Isernia, występujący w Eccellenza Molise został głównym klubem miasta. Klub powstał rok wcześniej dzięki połączeniu Sporting Aesernia z ASD Real Rocca d'Evandro 2006 z Kampanii. W 2011 awansował do Serie D, po czym przyjął nazwę ASD Isernia FC. W 2014 spadł z powrotem do Eccellenza Molise. Przed rozpoczęciem sezonu 2014/15 wprowadzono reformę systemy lig, wskutek czego Eccellenza awansowała na piąty poziom. W 2015 klub wrócił do Serie D, ale w 2016 znów spadł do Eccellenza Molise. W 2018 po raz kolejny awansował do Serie D.