W XVI i XVII wieku kościół pełnił również ważne funkcje publiczne i polityczne. Był miejscem obrad stanów siedmiogrodzkich oraz uroczystości związanych z książętami Siedmiogrodu. W jego wnętrzu odbywały się między innymi ceremonie związane z wyborem Gabriela Batorego i Gabriela Bethlena, a podczas transportu zwłok Stefana Bocskaya z Koszyc do Alba Iulia kościół był jednym z głównych miejsc uroczystości żałobnych.
W XVII wieku budowlę kilkakrotnie dotknęły katastrofy. Szczególnie poważne szkody spowodowały pożary Klużu w 1665 i 1697 roku. W ich następstwie zniszczone zostały między innymi średniowieczna wieża oraz sklepienie głównego prezbiterium. Do czasu przejęcia świątyni przez katolików dokonano jedynie częściowej odbudowy.
Ponowne przejęcie przez katolików Po włączeniu Siedmiogrodu do habsburskiej Austrii rozpoczęła się wspierana przez władze cesarskie restauracja struktur Kościoła katolickiego. W 1716 roku kościół św. Michała został odebrany wspólnocie unitariańskiej i przekazany katolikom, przy czym przejęcie świątyni nastąpiło przy wsparciu wojska. Reaktywowano wówczas katolicką parafię św. Michała.