Wiadomo, że w 1269 roku cystersi musieli opuścić Bardejów z powodów politycznych, a jednocześnie nie zachowały się żadne dokumenty potwierdzające dalsze losy ich klasztoru i kościoła. Na terenach Terra Bardfa powstała wioska Bardejów.
Budowę obecnej bazyliki rozpoczęto najprawdopodobniej w XIV wieku. Na początku tego wieku król Węgier Karol Robert (1312–1342) podarował Wawrzyńcowi, synowi Wawrzyńca, i jego potomkom (Laurentius Filius Laurentii et eius Heredes) wioskę Bardejów, która szybko się rozrosła. W 1320 roku król zwolnił osadników niemieckich przybyłych tu ze Śląska z płacenia podatków swoim przywilejem i nadał im inne uprawnienia. W dokumencie tym między innymi wspomina się, że gmina Bardejów („Civitas Bardpha”) posiada własnego wójta i proboszcza, któremu mieszkańcy zobowiązani byli płacić połowę dziesięciny, ma także własny kościół. Badacze uważają, że statut odnosi się konkretnie do kościoła św. Idziego. Ponadto wskazuje się na istnienie lokalnej parafii. Kolejny król węgierski Ludwik na mocy swojego przywileju z roku 1352 nadał Bardejowowi prawo do rokrocznego organizowania ośmiodniowego jarmarku, począwszy od 1 września, czyli dnia czci świętego Idziego, patrona miasta.