Nadanie Bardejowowi przez króla Ludwika statusu i przywilejów wolnego miasta królewskiego w 1376 roku badacze wiążą także z istnieniem w nim parafii katolickiej i kościoła parafialnego. Bazylika zaczęła nabierać nowoczesnego wyglądu w drugiej połowie XV wieku za panowania króla Macieja Korwina. Budowa głównej i bocznych naw została zakończona w 1415 roku, natomiast budowa wieży, gdzie zainstalowano drugi w Królestwie Węgier zegar, miała miejsce w latach 1420–1427. W 1427 roku zaczęto opisywać tę świątynię jako trójnawową bazylikę z prostymi arkadami. W latach 1448–1454 pod kierunkiem bardejowskiego murarza Mikulasza Lapicidy ukończono prezbiterium, a niedługo później dobudowano zakrystię i kaplicę. Budowa świątyni została całkowicie ukończona w 1464 roku. Ponieważ równowaga kościoła została zachwiana podczas budowy, szybko zawaliło się sklepienie kościoła. Po tym wydarzeniu przeprowadzono kolejną przebudowę, w trakcie której odbudowano nawę środkową.
W latach 1482–1486 mistrz bardejowski Urban dobudował kaplicę Najświętszej Maryi Panny (nad głównym wejściem) i kaplicę św. Andrzeja w południowej części świątyni.