Kaplica Najświętszej Marii Panny została zbudowana w 1483 roku na koszt Weroniki, wdowy po kupcu bardejowskim Piotrze Magerze, która przekazała świątyni równowartość 3000 florenów, dlatego czasami nazywana jest także kaplicą Weroniki Magerowej. W latach 1486–1487 mistrz Jan Stemasek dobudował górne piętra wieży świątyni, wykańczając je okładziną kamienną. Dziesięć lat później zakończono budowę dachu wieży, który zwieńczono złotą kulą i krzyżem.
W roku 1527 na fali reformacji miejscowy proboszcz parafii katolickiej Krzysztof został usunięty z urzędu i wydalony z miasta (wraz z zakonnikami augustiańskimi usuniętymi wówczas z Bardejowa). Od tego czasu kościół św. Idziego służył duchowym potrzebom głównie niemieckiej ludności miasta, która skłaniała się ku idei reformacji. W tym okresie istniał cmentarz po południowej stronie kościoła, który był otoczony kamiennym ogrodzeniem. W 1557 roku w Bardejowie odbył się kongres kościelny pięciu wschodniosłowackich miast protestanckich, którego celem było „zlikwidowanie tradycyjnych obrzędów kościelnych”, w tym zwłaszcza obrzędu poświęcenia wody. Zwolennicy kalwinizmu podejmowali próby pozbawienia świątyni jej wspaniałego wystroju (usunięto ołtarze, obrazy i rzeźby). Podczas powstania Franciszka Rakoczego Bardejów w 1705 roku został zajęty przez powstańców i ponownie stał się protestancki.