Trwało to do 1710 roku, kiedy miasto zostało odbite przez wojska cesarskie, a świątynię rekatolicyzowano. W 1970 roku kościół został wpisany na listę narodowych zabytków kultury Słowacji. Papież Jan Paweł II w swoim brewe z dnia 23 listopada 2000 roku nadał kościołowi św. Idziego w Bardejowie rangę bazyliki mniejszej. Obecnie bazylika św. Idziego, oprócz pełnienia swojej głównej funkcji duchowej, czyli kościoła parafialnego, jest miejscem różnych wydarzeń kulturalnych, takich jak np. festiwale muzyki organowej.
Opis Kościół św. Idziego to trójnawowa bazylika gotycka z wielobocznym prezbiterium, zakrystią, dwiema kaplicami i wieżą. Bazylika ma 50 m długości i 31 m szerokości, a nawa główna ma 24 m wysokości. Sześciopiętrowa wieża o wysokości 76 metrów jest jedną z najwyższych wież na Słowacji. Na czwartym piętrze wieży znajduje się dzwonnica, a na szóstym taras widokowy. Dwa dzwony, które do 1990 roku rozbrzmiewały z wieży kościelnej – „Jan” i „Urban” zastąpiono nowymi w 1995 roku, trzeci – „Signum” powstał w 1625 roku. Bazylika może pomieścić około 3000 osób, liczy 500 miejsc siedzących.