W czerwcu 1941 razem z żoną zostali deportowani na Syberię. W Rubcowsku w prowincji Ałtaj zostali umieszczeni w obozie pracy przymusowej. Następnie zostali przewiezieni do Ałmaty w Kazachstanie, do pracy w obozie pracy przy wydobywaniu alabastru. Tam zostali rozdzieleni, Karol Iwanicki trafił do uzbeckiej Międzynarodowej Komuny w Kommunie (k. Taszkentu i między Zhuynek a Qizilzhol), Turkiestan, obwód aszchysyjski, Kazachstan, gdzie uczył w szkole matematyczno-budowlanej, a żona do Sary-Tash w prowincji Osz, później do Jalal-Abad w prowincji Jalal-Abad w Kirgistanie. Różne źródła podają datę śmierci Karola Iwanickiego jako 10 grudnia 1941, 31 grudnia 1941 i 10 stycznia 1942, ale w akcie zgonu żony podano, że zmarł w pierwszej połowie grudnia 1941, więc wybór 10 grudnia 1941 wydaje się najbardziej prawdopodobny. Dokładne miejsce jego śmierci również nie jest znane.
Prace szpital w Kijowie, gmach Korpusu Kadetów w Sumach siedzib Banku Państwa w Równem Rezydencje i dwory na Ukrainie: Buki, Turski Las, Kosara, Bucz, Machnówka, Chodorków, Kornin na Podolu: Jówki