Liczne remonty, które przeprowadzono około 1880 r. i na początku XX wieku, głęboko zmieniły dawny kształt kompleksu i połączyły pierwotne siedem kościołów w cztery.
Bazylika św. św. Witalisa i Agrykoli Bazylika św. św. Witalisa i Agrykoli (wł. Basilica dei SS. Vitale e Agricola) jest najstarszą częścią kompleksu. Kościół w typie bazyliki, bez transeptu, zamknięta potrójną absydą. Kościół poświęcony jest świętym Witalisowi i Agrykoli. Od czasu jego budowy mieścił relikwie tych świętych, odpowiednio wyzwoleńca i jego wcześniejszego właściciela, pierwszych dwóch męczenników bolońskich z czasów Dioklecjana. W 393 r. św. Ambroży z Mediolanu dokonał elewacji relikwii obu świętych, co świadczy o tym, że bazylika była już wtedy zbudowana.
Na początku XV wieku odnaleziono paleochrześcijański grób z napisem „Symon”. Rozeszła się wtedy pogłoska, że znajduje się tam grób Szymona Piotra, czyli Piotra Apostoła. Plotka ta, pozbawiona jakichkolwiek podstaw historycznych, przyciągnęła wielu pielgrzymów, odwracając ich uwagę od Rzymu, dotychczasowego celu pielgrzymek. Papież Eugeniusz IV, zareagował wówczas gwałtownie: otworzył kościół, napełnił go ziemią i pozostawił w tym stanie na około siedemdziesiąt lat. Dzięki staraniom arcybiskupa Giuliano Della Rovere, kościół został odrestaurowany i ponownie otwarty.