Douglasa MacArthura w rejonie południowo-zachodniego Pacyfiku, ale ze względu na zaangażowanie sił amerykańskich w odzyskanie Filipin, zadanie odbicia Borneo zostało przydzielone głównie australijskim siłom lądowym. Operacje alianckie na Borneo polegały na przeprowadzeniu desantó1) morskich na wyspach Tarakan, Labuan i na głównej wyspie pod Balikpapanem. Początkowo MacArthur zamierzał wykorzystać Borneo jako odskocznię przed operacją odbicia Jawy, ale operacja ta została później odwołana, a odpowiedzialność za Holenderskie Indie Wschodnie przeniesiono na brytyjskie Dowództwo Azji Południowo-Wschodniej (South East Asia Command). W fazie planowania dowódca australijskich sił zbrojnych, gen. Thomas Blamey, zalecił przeciwstawienie się desantowi pod Balikpapan, wierząc, że nie będzie to służyć żadnemu celowi strategicznemu. Po długich rozważaniach rząd Australii zgodził się zapewnić siły na tę operację. Połączeni Szefowie Sztabów USA również mieli obawy co do strategicznej konieczności nadchodzącej operacji, ale według historyka Gartha Prattena MacArthur manipulował zarówno rządem australijskim, jak i Połączonymi Szefami Sztabów, aby zatwierdzili zdobycie Balikpapanu.