Kościół w Sedlcu stał się pierwszą katedrą i jednocześnie największą budowlą sakralną w Czechach i na Morawach. Pierwotna forma masywnej, kamiennej budowli w stylu wczesnogotyckim na planie krzyża łacińskiego nie została zachowana, gdyż w 1421 roku tutejszy klasztor i kościół cystersów zostały splądrowane i spalone przez wojska husyckie.
Świątynia pozostawała ruiną przez 279 lat. Mimo opłakanego stanu budowla wyglądała jednak na dość szczególną, czego potwierdzeniem jest fakt, że w 1681 roku nazwano ją splendissima basilica – najwspanialszą bazyliką. Prace restauracyjne rozpoczęto w 1700 roku za czasów opata Jindřicha Snopka. Inicjatorem pierwszego etapu renowacji był Pavel Ignác Bayer z Igławy, który zabezpieczył świątynię, jak również był autorem koncepcji pięcionawowego układu kościoła. Kolejny etap zainicjował Jan Blažej Santini-Aichel, chcący przebudować świątynię w stylu baroku gotyckiego. Stworzył on m.in. nowe sklepienia oraz szczyt zachodni i przedsionek. Odrestaurowany kościół konsekrowano w 1708 roku. Okres jego ponownego rozkwitu nie trwał jednak długo. Niespełna osiemdziesiąt lat po renowacji, za panowania cesarza Józefa II, klasztor w Sedlcu został zlikwidowany w 1784 roku, a jego majątek zlicytowano.