Po powrocie do Francji jako kapitan dragonów armii francuskiej w 1808 r. brał udział w bitwie pod Ulm i bitwie pod Austerlitz, następnie służył w sztabie generalnym marszałka Soulta w Hiszpanii. Odznaczony został Orderem Legii Honorowej. Po powrocie Napoleona w 1815 r. służył w jego armii w randze pułkownika, w związku z czym zgodnie z dekretem o amnestii musiał na 6 lat wycofać się z Francji. Od 31 stycznia 1816 r. mieszkał w Akwizgranie, a następnie w Brukseli, gdzie wraz z Van Monsem w latach 1819–1821 opublikował 8-tomowe dzieło Annales de sciences physiques. W tym samym czasie po wizycie w kamieniołomach w pobliżu Maastricht napisał Voyage souterrain. Po powrocie do Francji w 1820 roku Bory dużo pisał w liberalnych czasopismach, a w 1829 roku stanął na czele naukowej wyprawy na Peloponez i Cyklady. Relację z niej sporządzono w 1832 r. w zbiorowej pracy Expédition scientifique de Morée. Dział botaniczny opracowywał de Bory.