23 lutego 1918 r. Rada Starszych gubernialnego Estońskiego Sejmu Krajowego (est. Maapäev) ogłosiła niepodległość Estonii. W większości miast dawnej guberni estońskiej przejmowanie władzy przez estońskich działaczy narodowych odbyło się bez sprzeciwu. Estońskim urzędnikom towarzyszyły zbrojne jednostki narodowe (Omakaitse), tworzone przez Pitkę. Osobiście opłacał on zakup uzbrojenia i żołd dla części oddziałów. Jedynie w Tallinnie doszło do walk estońsko-bolszewickich. Oddziałami estońskimi, które przejęły z rąk bolszewików kontrolę nad miastem, dowodził osobiście PitkaJan Lewandowski, Estonia. Warszawa: Trio, 2001, s.64-65. ..
Przewidując, iż Niemcy nie utrzymają się na ziemiach estońskich, a Rosja radziecka po ich odejściu spróbuje opanować terytorium dawnej guberni estońskiej, latem 1918 r. Johan Pitka wspólnie z Andresem Larką i Ernstem Põdderem zaczął tworzyć na bazie Omakaitse Ligę Obrony (Kaitseliit), zaczątek regularnych sił zbrojnych Estonii. W ten sposób w momencie wkroczenia Armii Czerwonej do Estonii, co nastąpiło po odejściu Niemców w listopadzie 1918 r., wojska estońskie liczyły 14 500 żołnierzy (w lutym 1919 r. - 30 tys.). Podczas wojny o niepodległość Estonii Pitka organizował od podstaw także estońską marynarkę wojennąJan Lewandowski: Estonia. Warszawa: Trio, 2001, s. 291. . i estońskie pociągi pancerne.