Najbardziej znanym i najszerzej opisywanym epizodem z dziejów inkwizycji z Nawarry są procesy o czary w Zugarramurdi w latach 1609-1614. W 1608 po francuskiej stronie pirenejskiej granicy rozpoczął swoją działalność Pierre de Lancre, delegowany przez parlament z Bordeaux do badania zarzutów o czary które pojawiły się w baskijskiej społeczności w Labourd. Wkrótce także po hiszpańskiej stronie granicy kilka kobiet (z których część powróciła dopiero z Labourd) wyznało miejscowym władzom, że są czarownicami i oskarżyło też inne osoby. Cztery autodenuncjatorki oddano w ręce inkwizytorów, którzy rozpoczęli wizytację obszarów przygranicznych. Nastąpiły kolejne aresztowania, łącznie zatrzymano 31 osób, jednak aż 13 z nich zmarło w więzieniu przed końcem procesu. Kulminacją pierwszej fazy tych procesów było wielkie auto da fe w listopadzie 1610, w którym 6 domniemanych czarownic spalono, 5 innych skazano pośmiertnie na spalenie zwłok, a 20 (w tym aż 8 pośmiertnie) pojednano z Kościołem.