Obszar jurysdykcji Obszar jurysdykcji trybunału początkowo ograniczał się do królestwa Nawarry. Jednakże po przeniesieniu w 1521 siedziby do położonej w Kastylii Calahorry rozszerzono jego jursydykcję także na obszary należące do Kastylii, tj. diecezja Calahorry, prowincje baskijskie Biskaja, Guipuzcoa i Alava, prowincja Kantabria oraz kastylijska część diecezji Tarazony.
Pomimo że inkwizycja hiszpańska poza Kastylią z reguły obsadzała wyższe stanowiska w swoich trybunałach Kastylijczykami i niewiele dbała o znajomość przez nich miejscowego języka czy zwyczajów, okręg Nawarry przez pewien czas był pod tym względem wyjątkiem. W ciągu XVI wieku starano się obsadzać stanowiska inkwizytorów oraz oskarżycieli ludźmi miejscowymi, rozumiejącymi język baskijski. Funkcjonariusze ci zwykle też długo (nawet ok. 30 lat) pozostawali na swoich stanowiskach, mimo że co do zasady praktykowano dużą rotację wyższego personelu i w pozostałych trybunałach w Hiszpanii średni okres sprawowania urzędu inkwizytorskiego w jednym trybunale wynosił około 5 lat.