Energia wyzwolona podczas zderzenia powoduje fragmentację jonów. Fragmentacja wielofotonowa promieniowaniem podczerwonym (Infrared Multiphoton Dissociation – IRMPD) – na jony w fazie gazowej działa się promieniowaniem lasera podczerwonego. Jony wychwytują fotony zwiększając w ten sposób swoją energię, co doprowadza do zrywania wiązań chemicznych – fragmentacji. Metoda ta jest zwykle stosowana w analizatorach FT-ICR. Fragmentacja promieniowaniem podczerwonym z ciała czarnego (Blackbody Infrared Radiative Dissociation – BIRD) – działa podobnie jak IRMPD, ale w przeciwieństwie do niej źródłem promieniowania podczerwonego jest ciało nagrzane do wysokiej temperatury. Metoda ta jest zwykle stosowana w analizatorach FT-ICR. Fragmentacja przez przechwycenie elektronu (Electron Capture Dissociation – ECD) – wiązka elektronów o niskiej energii jest kierowana do komory, w której utrzymywane są jony. Jony (najczęściej naładowane dodatnio) wychwytują elektrony, co powoduje ich fragmentację. Metoda ta jest zwykle stosowana w analizatorach FT-ICR i nadaje się do fragmentacji bardzo dużych cząsteczek biologicznych, takich jak białka.