Najczęściej stosowane tandemowe spektrometry mas Spektrometr z trzema kwadrupolami (Triple Quad) – spektrometr wyposażony w trzy analizatory kwadrupolowe. Pierwszy z nich selekcjonuje jony macierzyste, drugi jest komorą kolizyjną wypełnioną gazem obojętnym pod niskim ciśnieniem. Trzeci kwadrupol analizuje fragmenty jonu macierzystego (jony potomne). Spektrometry tego typu charakteryzują się niską rozdzielczością, jednak ich niska cena i mniejsze (w porównaniu do innych typów spektrometrów) wymiary czynią je optymalnym wyborem dla celów analityki ilościowej. Dużą zaletą, w aspekcie analityki substancji biologicznie ważnych przy użyciu chromatografii cieczowej, jest dobra kompatybilność ze źródłem jonów typu elektrorozpylacz. Spektrometr z kwadrupolem i analizatorem czasu przelotu (Quadrupole – TimeOfFlight – Q-TOF). Spektrometr ten selekcjonuje jony macierzyste przy pomocy analizatora kwadrupolowego. Jony są fragmentowane w komorze kolizyjnej (np. kwadrupol). Powstałe w komorze kolizyjnej jony potomne są badane przez analizator czasu przelotu. Spektrometry tego typu charakteryzują się dość dobrą czułością i rozdzielczością. Spektrometry Q-TOF są najczęściej wyposażone w źródło jonów typu elektrorozpylacz, co pozwala na połączenie z systemami chromatograficznymi.