„San Nicola” został odesłany do Aleksandrii 10 kwietnia pod eskortą HMS „Badger”.
Rozprzestrzenianie się w Valletcie thumb | left | Strada San Paolo w Valletta, gdzie zgłoszono pierwsze przypadki
Początkowo sądzono, że choroba została powstrzymana przez brak kontaktu z ludnością, ale gdy „San Nicola” był w kwarantannie, niektórzy z jego strażników ukradli bieliznę z zainfekowanego ładunku. Była ona przechowywana w sklepie z winami w Sliemie, zanim została sprzedana Salvatore Borgowi, szewcowi, paserowi i przemytnikowi, który mieszkał pod 227, Strada San Paolo w Valletcie.
W dniu 16 kwietnia ośmioletnia córka Salvatore Borga, Anna Maria, zachorowała i zmarła trzy dni później. Nie od razu zdano sobie sprawę, że przyczyną jej śmierci była dżuma, i odbył się zwyczajowy pogrzeb w franciszkańskim kościele Ta'Ġieżu – dziewczynka została pochowana w krypcie kościoła. Wkrótce po zgonie dziecka jej matka również dostała gorączki, wywołując zaniepokojenie wśród lekarzy, którzy poinformowali władze o sprawie. Kobieta zmarła 3 maja. 4 maja Komisja Zdrowia wydała ostrzeżenie, że zdrowie publiczne jest w niebezpieczeństwie i dzień później potwierdziła, że choroba to dżuma.