Pierwsze przypadki dżumy poza Vallettą wykryto 21 maja w Mdinie, gdzie zgłoszono pięć przypadków. W ciągu kilku dni rozprzestrzeniła się na inne miasta i wioski w kraju, niektóre były bardziej dotknięte niż inne. Epidemia była szczególnie dotkliwa w Birkirkarze, jednej z największych osad poza obszarem portu, której populacja wzrosła o około 3000 uchodźców uciekających przed zarazą z Valletty.
Do końca lipca 1813 roku liczba ofiar śmiertelnych sięgnęła 1602 osoby.
Najpoważniej zostały dotknięte dżumą Qormi i Żebbuġ. W Qormi długi czas trwania choroby przypisywano oporowi mieszkańców przed rządowymi środkami zaradczymi, próbującymi opanować wybuch epidemii. Niektóre miasta i wsie nie zostały w ogóle dotknięte epidemią, w tym Għargħur, Balzan, Kirkop, Safi, Għaxaq, Qrendi i Senglea.
Środki zaradcze Władze wprowadziły środki, aby powstrzymać wybuch epidemii, ale były one początkowo nieskuteczne. Choroba się rozprzestrzeniała, ponieważ przyczyny choroby były wówczas nieznane, nie wprowadzono natychmiast środków zapobiegających rozprzestrzenianiu się choroby, a niektóre osoby stawiały opór, odmawiając przeniesienia zakażonych rzeczy do wyznaczonych przez rząd magazynów.