W 1959 małżeństwo zakończyło się rozwodem. McLaren przeniosła się do Institute of Animal Genetics w Edynburgu, aby kontynuować swoje badania. Para pozostała w dobrych stosunkach; Michie przeniósł się również do Edynburga. Doświadczenie wychowywania dzieci jako samotnie pracującego rodzica sprawiło, że McLaren była zwolenniczką rządowej pomocy w wychowaniu dzieci.
Rozwój kariery Lata 1958–1974 spędziła w Institute of Animal Genetics, zdobywając wiedzę na tematy połączone z płodnością: rozwój i epigenetyka, w tym rozwój przenoszenia zarodków myszy, układ immunologiczny i cechy szkieletowe chimer.
W 1974 opuściła Edynburg, aby objąć stanowisko dyrektora jednostki ds. rozwoju ssaków Medical Research Council w Londynie. W 1992 przeszła na emeryturę i przeniosła się do Cambridge, dołączając do Wellcome Trust/Cancer Research UK Gurdon Institute. W 1991 otrzymała tytuł wspólniczki Kolegium Chrystusa.
Była członkinią komitetu powołanego do badania technologii zapłodnienia pozaustrojowego (in vitro) i embriologii, który później opracował Raport Warnocka. W latach 1991–2000 była także członkinią Nuffield Council on Bioethics.
W 2004 McLaren była jednym ze współzałożycieli projektu Frozen Ark.