IOC wyróżnia 6 podgatunków, podobnie jak autorzy Handbook of the Birds of the World (HBW), Clements Checklist of Birds of the World (2025) i listy ptaków świata opracowywanej przy współpracy BirdLife International z autorami HBW (10. wersja online: październik 2025). Są to: M. c. temminckii Vigors, 1831 gwizdokos fioletowy, M. c. caeruleus (Scopoli, 1786) M. c. eugenei Hume, 1873 M. c. crassirostris Robinson, 1910 M. c. dichrorhynchus Salvadori, 1879 gwizdokos duży, M. c. flavirostris (Horsfield, 1821)
Powyższe autorytety nie uznają odrębności M. c. turcestanicus (Zarudny, 1909). Zdaniem autorów HBW jego przedstawicieli nie można odróżnić od przedstawicieli M. c. temminckii. Gwizdokos duży bywał podnoszony do rangi gatunku, lecz bez uzasadnienia dla takiej decyzji.
Filogeneza Dostępne badania nie dostarczają informacji o pozycji wszystkich gatunków gwizdokosów w rodzaju Myophonus, złożonego z 9 gatunków. Według Jetz et al. (2012), którzy uwzględnili ich 3, gwizdokos fioletowy i błękitny (M. glaucinus) to gatunki siostrzane stanowiące grupę siostrzaną wobec gwizdokosa lśniącego (M. melanurus):