Moment oddzielenia się linii rozwojowej M. caeruleus+M. glaucinus oszacowano na 8,2 mln lat temu, a rozdzielenia się tych dwóch gatunków – na 6,1 mln lat temu. Dwa taksony były dawniej uznawane za podgatunki gwizdokosa błękitnego – gwizdokos kasztanowaty (M. castaneus) i gwizdokos ciemny (M. borneensis). Nagy (2019) potraktował gwizdokosa ciemnego jako gatunek. Uzyskane drzewo filogenetyczne pokazuje bliższe pokrewieństwo M. borneensis wobec gwizdokosa fioletowego niż wobec błękitnego. Ten ma stanowić gatunek siostrzany wobec M. melanurus, a ich linie rozwojowe rozeszły się wcześniej niż wspomnianych dwóch taksonów. W tym ujęciu przypisanie M. borneensis do gwizdokosa błękitnego utworzyłoby takson parafiletyczny:
Delacour opublikował w 1942 pracę poświęconą całemu rodzajowi Myophonus. Wówczas (lata 40.–50. XX wieku) dopiero zaczynały się rozwijać trzy główne kierunki systematyki, a pojęcie „systematyki zoologicznej” (kladystyki) jeszcze nie funkcjonowało, opracował je później Willi Hennig. Delacour sporządził „diagram” (zbliżony do współcześnie rozumianego kladogramu) dla całego rodzaju. Gwizdokosa fioletowego umieścił na szczycie. Według „diagramu” najwcześniej wyodrębniły się podgatunki M. c. eugenei, M. c. caeruleus i „M. c. turcestanicus”, a najpóźniej wyłonił się M. c.