Kaplice Wzdłuż obu naw bocznych znajdują się dwa rzędy po 4 (łącznie 8) kaplic. Znacznie niższe od naw, wzniesione na nieco wyższym poziomie niż nawy, otwierają się ku nim ostrołukowo. Były budowane w latach 1521-1560, a więc już po ukończeniu budowy naw. Adam Miłobędzki pisał:
Kaplice, wstawione między skarpy, przesklepiono ozdobniejszymi gwiazdami; nie włączają się one w przestrzeń nawową w tym stopniu, co wysokie międzyskarpowe kaplice hal gdańskich. Podobnie jak w wykańczanych współcześnie kaplicach krakowskiego kościoła Mariackiego, zewnętrzne ściany łączą się tu w zupełnie gładką „antygotycką” elewację i decydują o bryle fary, która robi wrażenie dość przysadzistego budynku z przewagą podziałów poziomych nad pionowymi.
Po lewej stronie (patrząc od wejścia) znajdują się: kaplica Kromerowska cechu krawców, kaplica pw. św. Antoniego z Padwy cechu szewców, kaplica pw. Matki Boskiej Gromnicznej cechu stolarzy i snycerzy, kaplica pw. św. Michała cechu tkaczy. Po prawej stronie (patrząc od wejścia) znajdują się: kaplica Bonarów, Wielopolskich i Ligęzów, kaplica pw. św. Jana Kantego rodziny Sułowskich oraz cechu piekarzy, kaplica pw. św. Tekli rodziny Hübnerów i cechu rzeźników, kaplica pw. św. Józefa cechu kowali.