W każdej z kaplic znajduje się ołtarz, każdy bogato zdobiony. Dodatkowo w kaplicy św. Tekli znajduje się jedyne w Polsce gwiaździste sklepienie z motywem oka.
Nawa główna i boczne Nawa główna i boczne, liczące po pięć przęseł, były zbudowane już w 1519 roku. Całość sklepienia podtrzymuje osiem potężnych kamiennych filarów. Adam Miłobędzki pisał: W przestrzennym wnętrzu o jasnych gładkich ścianach (skarpy nie są jak na północy Polski wciągnięte do środka) ośmioboczne ciosowe słupy z renesansowymi bazami i głowicami podtrzymują żebrowe sklepienia – krzyżowe naw bocznych i sieciowe, „parlerowskie” nawy głównej„parlerowskie” – od nazwiska Piotra Parlera, słynnego muratora i rzeźbiarza epoki gotyku, czynnego w II poł. XIV w. w Czechach, głównie w Pradze.,
Na jednym z filarów wisi ambona z 1604 roku, przerobiona w 1697 r. przez Marcina Sarneckiego, mieszczanina i rajcę bieckiego. Na renesansowe tło wykonane techniką intarsji nałożony został barokowy ornament.
W nawie północnej, po lewej stronie prezbiterium, znajduje się ołtarz pw. Matki Boskiej Różańcowej z początków XVII w., późnorenesansowy, złocony, z bogatą ornamentyką roślinną i okuciową. W ołtarzu obraz matki Boskiej z Dzieciątkiem, w typie ikony, z początku XVI w.