1 października 1954 roku do klasztoru w Prudniku przybyli funkcjonariusze UB, którzy kazali zakonnikom opuścić klasztor w ciągu dwóch godzin. Nakaz ten wydał 30 września Prezydium Wojewódzkiej Rady narodowej w Opolu. Klasztor przeszedł pod zarząd wojska, a prudniccy zakonnicy przenieśli się do pobliskiego klasztoru w Borkach Wielkich nieopodal Olesna. Wojsko rozpoczęło pracę nad zamianą klasztoru w więzienie dla kardynała Wyszyńskiego. Pełnione były warty, żeby nie dopuszczać żadnych cywilów blisko klasztoru, który to natomiast został obtoczony zielonymi parkanami i zabezpieczony siecią drutów kolczastych, a dookoła niego zasadzono szpaler świerków.
6 października 1954 roku o godzinie 12:15 Prymas wraz z towarzyszącymi mu osobami został przewieziony ze Stoczka Klasztornego do Kętrzyna, gdzie czekał specjalny samolot wojskowy. Wystartowali o godzinie 12:00. Wylądowali na poligonowym lotnisku koło Nysy. Tutaj więźniowie czekali do 18:00, czyli do czasu zapadnięcia zmroku. Około 45 minut trwała podróż do klasztoru w Prudniku zamienionego na „obóz izolacyjny”. Miejsce startu, jak i lądowania były gęsto obstawione żołnierzami.