W niewielkim stopniu został zniszczony podczas potopu szwedzkiego. Kościół został kilkakrotnie dotknięty przez wylewy Wisły (1527, 1736, 1813).
Pierwsze lata XX w. przyniosły zasadnicze zmiany w najbliższym otoczeniu klasztoru. Aby zapobiec systematycznie powtarzającym się klęskom powodzi w tej części Krakowa, w latach 1903–1910 przeprowadzono regulację Rudawy. Nowe ujście wytyczono prosopadle do Wisły, odcinając część zabudowań klasztornych. Zburzono przy tym ostatni w mieście młyn. Wzniesiony został przesadnej wysokości most na Rudawie, a nasypem i groblą poprowadzono drogę, przez co klasztor znalazł się w zagłębieniu terenu, tracąc wiele walorów widokowych. Wywołało to protesty miłośników zabytków Krakowa. O skutkach regulacji rzeki Stanisław Tomkowicz napisał wówczas: „Sprowadziła na Zwierzyniec najazd Wandalów, w osobach inżynierów, kierujących robotami. Niszczyli klasztor Mongołowie i Szwedzi – nasi technicy pozazdrościli im sławy i trofeów”.