Obecny wystrój kościoła pochodzi z XVIII wieku, kiedy konwentem rządziły ksieni Brygida i Magdalena Otffinowskie. Wnętrze składa się z prostokątnej nawy i prezbiterium zakończonym prostą ścianą. W nawie znajdują się barokowe ołtarze boczne, m.in. ołtarz bł. Bronisławy wraz z relikwiarzem i obrazem przedstawiającym błogosławioną (autorstwa Wojciecha Eliasza-Radzikowskiego). Klasycystyczną kolumnadę okalającą prezbiterium zaprojektował ks. Sebastian Alojzy Sierakowski; w absydzie znajduje się wizerunek św. Jana Chrzciciela autorstwa Władysława Łuszczkiewicza. Nad ołtarzem znajdują się organy widoczne z nawy jako dwie ozdobne szafy po obu stronach okna.
Klasztor, będący jednym z najpiękniejszych obiektów architektonicznych Krakowa, posiada cenny zbiór rękopisów i starodruków, a także zbiór tkanin i zabytków rzemiosła artystycznego.