Na Uniwersytecie w Lipsku w latach 1876–1878 Husserl studiował matematykę, fizykę i astronomię. W Lipsku zainspirowały go wykłady z filozofii prowadzone przez Wilhelma Wundta, jednego z twórców nowoczesnej psychologii. Następnie w 1878 przeniósł się na Uniwersytet Fryderyka Wilhelma w Berlinie (dzisiejszy Uniwersytet Humboldtów w Berlinie), gdzie kontynuował studia matematyczne u Leopolda Kroneckera i Karla Weierstrassa. W Berlinie znalazł mentora w postaci Tomáša Masaryka, wówczas byłego studenta filozofii Franza Brentano, a później pierwszego prezydenta Czechosłowacji. Tam też Husserl uczęszczał na wykłady filozoficzne Friedricha Paulsena. W 1881 wyjechał na Uniwersytet Wiedeński, aby ukończyć studia matematyczne pod kierunkiem Leo Koenigsbergera (byłego ucznia Weierstrassa). W 1883 r. w Wiedniu obronił doktorat pracą Wkłady do rachunku wariacyjnego.