W ostatnim projekcie Warstwy Nikki S. Lee bada swoją tożsamość poprzez postrzeganie samej siebie w różnych kontekstach kulturowych. Podróżując po całym świecie, w każdym mieście prosiła trzech lokalnych artystów, by sportretowali ją na przezroczystej kalce. Następnie, układała te szkice jeden na drugim, podświetlała je i robiła zdjęcia.
Lee wyreżyserowała film AKA Nikki S. Lee. Wcieliła się w nim w dwie wersje jej samej – Nikki One (poważną, ułożoną artystkę) oraz Nikki Two (łamiącą wszelkie reguły). Premiera filmu odbyła się 5 października 2006 roku w Museum of Modern Art.
Cykle fotograficzne 1997-01 – Projekty; 2002-05 – Części; 2007-08 – Warstwy.
Wystawy indywidualne 1999 – Leslie Tonkonow Artworks + Projects, Nowy Jork; 2000 – Gallery Gan, Tokio; 2000 – Stephen Friedman Gallery, Londyn; 2001 – Nikki S. Lee: Projects, The Institute of Contemporary Art, Boston; 2001 – Nikki S. Lee, Museum of Contemporary Photography, Chicago; 2001 – Leslie Tonkonow Artworks + Projects, Nowy Jork; 2001 – Yerba Buena Center for the Arts, San Francisco; 2002 – Nikki S. Lee: Projects, Clough-Hanson Gallery, Rhodes College, Memphis; 2002 – Galerîa Senda, Barcelona; 2003 – Assumed Identities, The Cleveland Museum of Art, Cleveland; 2003 – Nikki S. Lee: Parts, Leslie Tonkonow Artworks + Projects, Nowy Jork; 2003 – Nikki S.