5 lutego 1945 rozpoczęło się systematyczne bombardowanie miasta przez radzieckie bombowce. Jedna z bomb spadła na ogród przyklasztorny, druga zaś wybuchła tuż obok murów klasztoru, poważnie uszkadzając strukturę budynku. Wkrótce potem niemieccy redemptoryści opuścili klasztor. Pozostał jedynie rektor klasztoru – ojciec Karl Alltmann, posługując jako ostatni kapłan w mieścieKarl Altmann, ur. 9.07.1897, pierwszą profesję złożył 28.05.1920, święcenia kapłańskie przyjął 10.08.1925. W klasztorze w Braniewie przebywał dwukrotnie: najpierw w roku 1936, następnie w latach 1938–1945 (źródło: Redemptoryści w Braniewie 1923–2023)..
Kościół św. Krzyża i klasztor, znajdując się na uboczu miasta, uniknęły zburzenia w trakcie przejścia frontu Armii Czerwonej, jednak znacznie ucierpiały, najpierw podczas bombardowań powypadała większość szyb z okien, później na skutek grabieży i dewastacji przez barbarzyńskich radzieckich żołdaków, szukających złota i wszelkich możliwych do zrabowania trofeów. Nie mogąc otworzyć tabernakulum w świątyni, zrobili w nim dziurę z boku i dokonali świętokradztwa. Łupem czerwonoarmistów padła również część wyposażenia klasztoru, którzy ponadto aresztowali i wywieźli pozostałego w klasztorze rektora ojca Altmanna.