Casting W marcu 2020 roku potwierdzono, że do swoich ról z poprzednich filmów powrócą Jude Law, Johnny Depp, Ezra Miller, Alison Sudol, Dan Fogler, Callum Turner, Katherine Waterston i Jessica Williams oraz Eddie Redmayne. 6 listopada tego samego roku Depp ogłosił, że jednak nie powtórzy swojej roli jako Grindelwald po tym, jak Warner Bros. poprosiło go o rezygnację z powodu jego osobistych problemów prawnych. Depp nakręcił tylko jedną scenę w Londynie po rozpoczęciu produkcji we wrześniu 2020 roku, ale jego kontrakt przewidywał, że otrzyma wynagrodzenie niezależnie od tego, czy film zostanie ukończony, czy nie. Pensja Deppa wyniosła nawet do 16 milionów dolarów. 25 listopada 2020 roku Warner Bros. ogłosiło, że Deppa w roli Grindelwalda zastąpi Mads Mikkelsen.
Zdjęcia Prace na planie pierwotnie miały rozpocząć się 16 marca 2020, ale zostały przełożone z powodu pandemii COVID-19. Zdjęcia oficjalnie rozpoczęły się 20 września, z zachowaniem środków bezpieczeństwa, aby chronić obsadę i ekipę przed wirusem. 3 lutego 2021 zdjęcia w Wielkiej Brytanii zostały wstrzymane po tym, jak członek załogi uzyskał pozytywny wynik testu na COVID-19, lecz wznowiono je niedługo później. Kręcono je m.in. w parku w Windsorze.