Ustanowienie chrześcijańskich rządów Do ustanowienia chrześcijańskich rządów na Malcie doszło dopiero po kolejnej inwazji, dokonanej w 1127 r. przez syna hrabiego Rogera I, króla Sycylii Rogera II. Wówczas na Maltę przybyli chrześcijańscy osadnicy, w tym kupcy i duchowni, a na wyspie ustanowiono sycylijską administrację i garnizon. Języki przybyszów połączyły się z sykulo-arabskim używanym przez ludność muzułmańską, ostatecznie ewoluując w język maltański. Napływ nowej ludności po inwazji z 1127 doprowadził do chrystianizacji Malty, chociaż islam przetrwał na wyspach maltańskich do około 1250 roku.
Malta jako hrabstwo
W 1192 król Sycylii Tankred z Lecce mianował Margarytusa z Brindisi, wielkiego admirała królestwa, pierwszym hrabią Malty, dając mu wyspy Malta i Gozo jako lenno, prawdopodobnie jako nagrodę za jego nieoczekiwany sukces w schwytaniu Konstancji, pretendentki do tronu. W 1194 cesarz rzymski Henryk VI, mąż Konstancji, podbił Królestwo Sycylii, przez co Margarytus z Brindisi utracił lenno, mimo tego Malta pozostała dalej hrabstwem.