Po śmierci męża w 1622 dwór w Hoyersworth i jej dom w Husum stały się schronieniem dla ludzi prześladowanych religijnie, takich jak wygnany z Flensburga Nicolaus Teting. W tym okresie poświęciła się pracy pisarskiej. W 1628 wydała Gespräch eines Kindes mit seiner Mutter (pl. Rozmowa dziecka z matką) w formie fikcyjnego dialogu z synem. W 1632 długi zmusiły ją do sprzedaży rezydencji w Hoyersworth. Już wcześniej straciła domy w Husum. W 1634 wraz z dziećmi przeżyła powódź Burchardi na strychu zalanego zamku w Tönning. Jej wiersze o powodzi nie wyrażają współczucia dla ofiar, a raczej satysfakcję z tego, że ocaleli wybrańcy, a zginęli liczni przedstawiciele kościoła luterańskiego.
Między 1632 a 1642 (brakuje wiarygodnych źródeł) dzięki pośrednictwu księżnej Augusty wraz z pięciorgiem dzieci osiedliła się w Szwecji. Kuzyn jej zmarłego męża, Jacob Hoyer (1579–1642), uciekł przed wojną trzydziestoletnią do Szwecji w 1627 i został mianowany przez króla Gustawa II Adolfa przewodniczącym rady niemieckiej w Göteburgu. Jednak Anna Hoyer nie otrzymała od niego żadnego wsparcia, dlatego pierwsze lata w Szwecji spędziła wraz z dziećmi w biedzie. Prawdopodobnie w 1642 osiedliła się w niewielkim mieście Västervik.