8 września 1936 roku marynarze „Afonso de Albuquerque” i niszczyciela „Dão” zbuntowali się w Lizbonie, chcąc dołączyć z okrętami do komunizujących marynarzy Republiki Hiszpańskiej, lecz bunt został stłumiony.
Podczas II wojny światowej Portugalia była neutralna, stąd „Afonso de Albuquerque” nie uczestniczył w działaniach bojowych . 28 listopada 1942 roku uratował 194 rozbitków, w tym 130 włoskich jeńców wojennych, ze statku „Nova Scotia” storpedowanego koło Lourenço Marques u wybrzeży Mozambiku przez niemiecki okręt podwodny U-177. Po wojnie kontynuował służbę w marynarce Portugalii, przeklasyfikowany na fregatę. Otrzymał NATO-wski numer burtowy F470.
W 1961 roku NRP „Afonso de Albuquerque” stacjonował wraz z dwoma kutrami patrolowymi w portugalskich terytoriach zamorskich – enklawach na terenie Indii. 18 grudnia 1961 roku rząd Indii rozpoczął operację zbrojnej aneksji Indii Portugalskich. „Afonso de Albuquerque” przebywał wówczas w porcie Marmagao, ostrzeliwując indyjskie samoloty. Na pobliskiej wyspie Anjediva koło Karwaru marynarka indyjska wysadziła rano tego dnia desant.