Dla pięciu dział przewidziano zapas pocisków wynoszący 120 sztuk, zaś dla dwóch bocznych dział zapas ten wynosił 105 sztuk. Dodatkowo „Natori” dysponował dwiema armatami salutacyjnymi kal. 57 mm.
W zakresie uzbrojenia przeciwlotniczego „Natori” był wielokrotnie przezbrajany. W momencie wejścia do służby składało ono się z dwóch pojedynczych armat przeciwlotniczych kal. 76,2 mm (8 cm), zamontowanych po bokach pierwszego komina. Zapas amunicji dla każdej z armat wynosił 240 sztuk, była ona rozdzielnego ładowania. Uzbrojenie to uzupełniały dwa karabiny maszynowe Typu 3 kalibru 6,5 mm, umiejscowione pomiędzy drugim a trzecim kominem. Na przełomie 1931/1932 roku na okręcie zamontowano stanowisko poczwórnych wkm Hotchkiss kalibru 13,2 mm na platformie przed nadbudówką dziobową (początkowo były zainstalowane na platformie startowej, usuniętej w 1934 roku). Dwie armaty plot. kal. 76,2 mm zastąpiono dwoma podwójnymi stanowiskami karabinów maszynowych Typu 93 kal. 13,2 mm podczas remontu trwającego od czerwca 1936 roku do marca 1937 roku. Stanowiska te zastąpiono w 1940 roku podwójnymi stanowiskami dział Typu 96 kal. 25 mm. Jako jedyny okręt tego typu, „Natori” otrzymał w 1937 roku eksperymentalne podwójne stanowisko automatycznych armat plot. kal. 40 mm produkcji Vickersa. Karabiny kal.